热带海洋环境与岛礁生态全国重点实验室立足南海及邻近海洋，围绕海洋环境安全保障、岛礁生态系统与安全、海洋资源开发利用等国家重大需求，深入开展热带海洋多时空尺度动力过程、岛礁环境响应过程研究，创新海洋非平衡态动力学理论，突破海洋观测、预报和综合治理关键技术。围绕实验室主攻方向，已形成8个研究团队。  

团队1 海洋环境模拟与应用技术研究团队

团队2 海洋智能探测与大数据技术应用研究团队

团队3 海洋动力热力过程及其环境效应研究团队

团队4 热带海气相互作用与极端气候变化研究团队

团队5 海洋生态系统与珊瑚礁生物多样性研究团队

团队6 近海生态环境与生态安全研究团队

团队7 海底边界层与冷泉水合物研究团队

团队8 深时海洋与全球变化研究团队